九宫山自然保护区的生物多样性十分丰富。初步考察，有维管植物1983种，陆生脊椎动物260种，分别占湖北的32.7%和37.1%。九宫山脉是鄱阳湖主要河流修水、洞庭湖流域汨罗江、湘江（浏阳河）和长江一级支流富水和陆水的重要发源地。本地九宫山自然保护区是冬夏季风交锋最为频繁的区域，加上地形条件的阻滞作用，降雨量大，年均约为1800毫米,每年注入长江的优质水资源超过200亿立方米，是长江中游南部的重要水源补给区，因此，保护区的建立，对保护植被、保持水质、涵养水源、防洪、抗旱，对保护长江中下游的生态环境，保障流域内29个县市乃至中下游工农业生产具有战略地位。可以认为，建立九宫山*********自然保护区，就是在江汉平原以南，南岭以北，两湖之间、人口密集的华中地区有效保存了一个典型的、十分重要的物种基因库和长江中下游最重要的水源地。

九宫山地理环境独特，自然风光秀丽，曾是历史上五大道教场地之一。九宫山自然保护区建设始于二十世纪八十年代初，1981年通山县政府以通政发[1981]101号文件建立“通山县老鸦尖自然保护区”，1988年湖北省政府以鄂政发[1988]23号文件批准成立省级自然保护区，为湖北省首批建立的省级自然保护区，并成立九宫山省级自然保护区管理处，2001年更名为“湖北九宫山省级自然保护区管理局”。经市编委批准又更名为“九宫山自然保护区管理委员会”。2000年初，保护区管理处提出了扩大保护区面积和申报*********自然保护区的设想，并邀请湖北省林业局、武汉大学组织联合考察组再次对九宫山自然保护区进行了全面的综合考察，特别是对拟扩大的区域进行了重点调查，撰写了综合科学考察报告。同时，咸宁市和通山县人民政府针对保护区现有面积难以促进九宫山珍稀濒危野生动植物资源的恢复和保护的实际，并依据专家考察的结果向省政府提出了扩区申请。省林业局受省政府的委托，组织专家对保护区扩区进行了论证。根据专家的意见，省人民政府批复同意，将保护区面积扩大到20105公顷。2004年3月申报时，为了便于管理，避免与风景名胜区重叠，根据上级主管部门和有关专家的意见，以及*********自然保护区申报的要求，确定将东部与风景名胜区重叠部分3496.3公顷不纳入申报*********自然保护区的范围，并请国家林业局规划勘察设计院对申报面积重新规划功能区，经湖北省人民政府行文向国务院提出申请，申报*********自然保护区的面积为16608.7公顷。

九宫山自然保护区自成立以来，非常重视科研和社区管理工作。相继与湖北省林业局、武汉大学、华中师范大学、中科院武汉植物研究所、中国地质大学、华中农业大学等高校和科研单位进行合作，开展了诸如“九宫山生物多样性研究”、“华中地区中国珍稀濒危植物迁地保护研究”、“三峡库区濒危植物异地重返自然和模拟群落的保存研究”、“白鹇、白颈长尾雉等陆生脊椎动物专项研究”等。